Medicinrådets sekretariat betjener Rådet og fagudvalgene. Sekretariatet består af sundhedsvidenskabelige konsulenter, biostatistikere, sundhedsøkonomer, læger, administrative medarbejdere og studentermedhjælpere.
Sekretariatet er organiseret i tre centre: Center for Strategi og Stab, Center for Kroniske Sygdomme og Center for Kræftsygdomme.

